Não. O ISBN é um registro único e contém todos os detalhes da obra, mas sempre em um formato exclusivo. Assim, se você registrar um ISBN, terá de escolher que ele seja para o livro impresso ou para o ebook, mas fique atento!
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A compra de ISBN no site do Clube, feita para publicações de impresso + ebook atribuem o registro ao livro impresso.
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Se você desejar registrar um ISBN para o ebook, deve publicar ele separadamente no site, tá?
Ah, e não esqueça: não é obrigatório ter ISBN para publicar no Clube (mas isso impede a venda global do livro em canais parceiros) e nem para publicar no formato ebook nos canais parceiros, tá?